南宁市地处亚热带，气候湿润，雨量充沛，多年平均降雨量在1241～1753毫米之间，其中南宁市区为1310毫米，上林县为1753.20毫米。南宁市辖区河系发达，河流众多，流域集水面积在200平方公里以上的河流有郁江、右江、左江、武鸣河、八尺江、清水河、良凤江、香山河、东班江、沙江、镇龙江等39条。市内最大的河流是郁江，流过南宁市区、邕宁、横县。右江的下游经过隆安县，在南宁市宋村与左江汇合形成郁江。郁江（南宁水文站）年平均天然径流量375.10亿立方米。熔岩地区地下伏流发育，地下水资源丰富，根据地下水调查和分析，市辖区多年平均地下水量模数为每平方公里11.10万立方米，南宁市多年平均浅层地下水资源补给量为25亿立方米。市辖区内的多年平均水资源总量约139.90亿立方米（区域水资源总量是指当地年内降水量形成的地表、地下水总量，不含过境水量）。2009年，郁江（南宁水文站）天然径流量为267.10亿立方米，比多年平均值偏少28.80%；区域内的左江、右江、郁江水质尚好，大部分河段的水质符合饮水用水标准。部分小支流由于受沿河工矿企业的排污影响，河水受污染严重。全市有大、中、小型水库779座，其中：库容1亿立方米以上的大型水库5座，1千万立方米以上的中型水库25座，小型水库749座，总库容38亿立方米左右。水库的水质基本上符合饮水用水标准。南宁市人均拥有可利用水量约8000立方米，水资源总量比较丰富。但由于降水和河川径流的时空分布很不均匀，并非所有的水资源量都能为人所控制利用，致使一些地区仍然水旱灾害频繁，农业产量不稳定和水资源供需矛盾日益突出。